Itämeren tilaan vaikuttavat tekijät
Tällä hetkellä Itämerta rasittavat pahiten mereen päässeet ja pääsevät ravinnekuormat, haitalliset aineet ja roskaantuminen sekä runsastunut laivaliikenne.
Rehevöityminen johtuu ihmisten toiminnasta, kuten esimerkiksi yhdyskuntien jätevesistä, maataloudesta, haja-asutuksesta, liikenteestä, energian tuotannosta ja teollisuudesta. Tutkimuksien mukaan Pietarin alueen jätevedet vaikuttavat koko Suomenlahden avomerialueelle, kun taas rannikkovesiemme huono tila johtuu pääasiassa kotimaisista päästöistä. Pietarin jätevedenpuhdistuksen tehostuessa merkittävästi viime vuosina itäinen Suomenlahti on kirkastunut melko nopeasti.
Vuosina 1997 - 2001 Itämereen tulevien ravinteiden kokonaismäärä oli fosforin osalta noin 35 000 tonnia ja typen osalta noin 650 000 tonnia. Samana ajanjaksona Suomen osuus oli noin 10 % Itämereen joki- ja jätevesien mukana tulleesta yhteenlasketusta ravinnekuormituksesta. Suomen maa-alueelta päätyi ihmisen toiminnan vaikutuksesta Itämereen vuosittain keskimäärin noin 3 000 tonnia fosforia ja 42 000 tonnia typpeä. Kun otetaan huomioon myös ravinnelaskeuma sekä luonnonhuuhtouma, niin vuosittainen kokonaiskuorma oli fosforin osalta 4 200 tonnia ja typen osalta 84 000 tonnia. Vuosien 1992–1996 kuormitukseen verrattuna fosforimäärä pysyi suurin piirtein samana kuin aikaisemmin ja typpimäärä kasvoi 8 000 tonnilla.
Maatalous on merkittävin suomalainen rannikkovesien kuormituslähde ja sen merkittävyyttä korostaa pistemäisten kuormituslähteiden ravinnepäästöjen pieneneminen. Vuosina 1997–2001 maatalouden osuus oli fosforikuormasta lähes puolet ja typpikuormasta reilu kolmannes. Helsingin ja Turun edustalla maatalouden osuus on vielä merkittävämpi: Helsingin edustalla maatalouden osuus sekä fosfori- että typpikuormasta on reilu puoletja Saaristomerellä jopa kolme neljäsosaa. Myös teollisuudella, kalankasvatuksella ja asutuskeskuksilla on merkitystä ravinnelähteinä, joskin näiden fosfori- ja typpikuormitus on vähentynyt huomattavasti ainakin parinkymmenen viime vuoden aikana.
Haitalliset aineet
Itämeren eliöstöön ja pohjasedimenttiin kertyy suuria määriä haitallisia aineita valtameriin verrattuna. Tämä johtuu Itämeren suuresta kuormituksesta, epäedullisista hajoamisoloista (mm. kylmyys) sekä vähäisestä vedenvaihtuvuudesta. Vaarallisten aineiden päästöjä Itämereen tulee lähinnä yhdyskunta- ja teollisuusvesien sekä valumavesien mukana. Näiden lisäksi päästöjä tulee myös ilmaperäisenä laskeumana.
Raskasmetalleja kulkeutuu Itämereen suoraan teollisuuslaitosten päästöjen mukana, mutta myös hajakuormituksena. Raskasmetallit vaikuttavat eliöiden kasvuun, lisääntymiseen sekä aktiivisuuteen. Raskasmetallien määrät ovat viimeksi kuluneiden 20 vuoden aikana vähentyneet, mutta arvot ovat edelleen huomattavasti korkeampia kuin esimerkiksi Pohjanmerellä. Teollisuuden raskasmetallipäästöt keskittyvät yleensä laitosten lähialueiden rannikkovesiin. Jokivesien mukana tuleva raskasmetallikuormitus sen sijaan leviää tasaisemmin suuremmalle alueelle ja se on monikymmenkertainen teollisuuden päästöihin verrattuna. Raskasmetallit kertyvät sedimentteihin ja pohjakerrostumiin, joista ne voivat siirtyä takaisin Itämeren ravintoverkkoon. Esimerkiksi laivaväylien ja satama-alueiden ruoppaukset ja ruoppausjätteen läjitykset siirtävät pohjaan kertyneitä raskasmetalleja takaisin veteen.
Erilaisia kemikaaleja on käytössä kymmeniä tuhansia ja näistä vain pienestä osasta on olemassa ympäristövaikutusten arvioinnin kannalta olennaiset tiedot. Myös eri aineiden yhteisvaikutukset ovat usein tuntemattomia. Ns. "perinteisten" ympäristömyrkkyjen vaikutuksia eliöihin on tutkittu paljon. Myrkyt aiheuttavat esimerkiksi epämuodostumia kaloille ja heikentävät äyriäisten saalistuskykyä. Esimerkkinä vaarallisten aineiden aiheuttamasta ongelmasta voidaan mainita silakoiden korkea dioksiinipitoisuus. Vaikka joidenkin ympäristömyrkkyjen määrä on laskenut, kertyvät ympäristömyrkyt edelleen Itämeren eliöstöön. Haitallisten aineiden pitoisuuksista Itämeressä on tarkkaa tietoa vain muutamasta merkittävimmästä orgaanisesta aineesta sekä joistakin raskasmetalleista.
Öljyriskit ja rakentaminen
Suuri osa Itämereen joutuvasta öljystä on peräisin maalta, jokivesistä ja ilmasta. Nämä öljypäästöt kuormittavat pääasiassa sedimenttiä, mutta samalla myös koko Itämeren ekosysteemiä. Myös jatkuvasti kasvava säiliöalusliikenne lisää huomattavasti ympäristö- ja alusonnettomuusriskiä Itämerellä. Lisäksi tahallisia öljypäästöjä tapahtuu Itämerellä jatkuvasti. Suomen merialueilla on myös yli 1 000 hylkyä, joissa on varastoituneena öljyä.
Itämeren luonnon tasapaino järkkyy vilkastuneen alusliikenteen, veneilyn ja virkistystoiminnan johdosta. Ongelmia aiheuttavat myös siltojen, satamien ja väylien rakentaminen, merihiekan nosto sekä muu Itämeren alueella toteutettava toiminta. Esimerkiksi merihiekan nosto aiheuttaa muutoksia vedenalaiseen maisemaan, syvyyssuhteisiin ja virtauksiin.